管草甘膦在农业中广泛用于杂草控制，但除草剂对土壤微生物群落的影响仍然存在疑问。现有的科学文献包含相互矛盾的结果，从无法观察到草甘膦的作用到富集镰刀菌等农业病原体的结果。我们进行了一项基于实地的综合研究，比较了叶面施用草甘膦的植物根系与未施用叶草的植物根系上的微生物群落。这项为期2年的研究在马里兰州的贝尔茨维尔和密西西比州的斯通维尔进行，玉米和大豆作物以多种有机和常规耕作方式种植。通过对环境元条形码扩增子进行测序，描述了原核和真菌群落，以及土壤的化学和物理特性。将玉米和大豆根的切片涂板以筛选植物病原体的存在。地理，耕作制度和季节是决定真菌和原核生物群落组成的重要因素。在控制了其他因素之后，用草甘膦处理的样地与未处理的样地在总体微生物群落组成上没有差异。我们未发现草甘膦处理对诸如镰孢镰刀菌（Fusarium spp）等生物的相对丰度的影响。

在成功满足日益增长的全球人口需求的同时，提高食品生产系统的效率同时减少负面的环境影响仍然是社会面临的一项关键挑战。草甘膦除草剂已成为全球农业生产中几乎无处不在的组成部分，从而使免耕农业的采用日益广泛。尽管广泛使用，但是关于草甘膦暴露的后果仍有很多争论。在本文中，我们研究了草甘膦对与抗草甘膦作物根部相关的土壤微生物群落的影响。使用元条形码技术，我们评估了农业土壤样品（n=768）中的原核和真菌群落。没有发现草甘膦对多种耕作系统中与抗草甘膦的玉米和大豆品种有关的土壤微生物群落的影响。