我们的消化系统所容纳的细菌细胞比人体中的人体细胞要多。尽管经常提到的微生物数量超过人类细胞十倍的估计值可能会夸大比率1，但即使保守的估计值2也符合微生物在数值上的优势，比率约为1.3：1。我们这些紧密的肠道微生物邻居约占一个人的质量2的 0.3％，肠道3中的细菌基因数量是其人类宿主中基因的100倍以上。这些正常肠道居民（有时称为共生细菌）对我们的福祉的潜在影响已引起人们的关注。Vieira-Silva 等人在《自然》中的写作。4报告了关于肠道微生物模式的意外发现，该发现可能会产生临床后果。

当尝试评估肠道中成千上万种细菌的艰巨复杂性时，可用的一种选择是分类方法5，该方法将个体的微生物特征分配给称为肠型的四个组之一（图1），具体取决于细菌的肠型。签名种。我们中那些没有涉足细菌二项式研究的人应该感谢那些提出这种方法和其他可能的分类方法的殖民主义同事。

被称为拟杆菌 2（Bact2）的'dysbiotic'肠型与炎症6相关。具有这种肠型的人与其他肠型的人相比，肠道微生物的负荷往往较低，而拟杆菌属的细菌则比Faecalibacterium微生物的多。与具有其他肠型的人相比，这些人的血液中C反应蛋白的浓度也更高（炎症的标志）7。

来自结肠癌的一系列数据将肠道微生物的组成与健康状况联系起来。例如，有炎症性肠病的个体中有超过75％拥有Bact2肠型，而没有疾病的人中只有不到15％拥有这种肠型6。除肠道外，许多研究人员还把肠道微生物牵涉到肥胖症8和称为代谢综合征的一系列疾病中。但是，微生物与这些条件之间关系的性质仍在争论中。

研究还将肠道细菌与心血管疾病联系在一起。由肠细菌产生的分子，例如三甲胺氧化物，可能会加速动脉粥样硬化，并且它们的存在与不良心血管结果有关，包括死亡9。 Vieira-Silva 等。报告指出，肠道细菌的Bact2混合物的特征是缺乏另一种微生物分子丁酸盐的细菌产生者。该短链脂肪酸可能有助于保持肠内上皮细胞的屏障功能，可能防止有害细菌内毒素分子从肠中泄漏，从而减轻机体10的全身性炎症。