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与在日本和柬埔寨发现的大流行病毒密切相关的冠状病毒

来源:nature2020-11-23

nature 2020-11-23

亚洲有两个实验室冰柜已产生令人惊讶的发现。研究人员告诉《自然》杂志,他们在柬埔寨冰箱中储存的马蹄蝠中发现了一种与冠状病毒SARS-CoV-2密切相关的冠状病毒。同时,日本的一个研究小组报告了另一种密切相关的冠状病毒的发现,这种病毒也存在于冷冻蝙蝠粪便中。

该病毒是SARS-CoV-2的第一个已知亲属,在中国境外发现,这支持了世界卫生组织在亚洲范围内搜寻该流行病的动物起源。有力的证据表明,SARS-CoV-2起源于马蹄蝠,但它是直接从蝙蝠传给人还是通过中间宿主,仍然是一个谜。

柬埔寨的这种病毒是在2010年在该国北部捕获的两个Shamel的马蹄蝠(Rhinolophus shameli)中发现的。该病毒的基因组尚未进行完整测序-亦未发表发现-使其对大流行的全部意义难以确定。

Veasna Duong说,如果该病毒与大流行性病毒非常密切相关,甚至与它的祖先密切相关,它可以提供有关SARS-CoV-2如何从蝙蝠传给人类的重要信息,并为大流行的起源提供搜索信息,金边巴斯德研究所(Pasteur Institute)的病毒学家,他领导了柬埔寨的旧样本搜索,并于11月初通知《自然》杂志。为了提供这种见解,该病毒必须与SARS-CoV-2共享其基因组的97%以上,这比其最亲近的亲戚还要多。

巴黎巴斯德研究所病毒学家埃蒂安·西蒙·洛里尔(Etienne Simon-Loriere)表示,这种新病毒可能与相关病毒的关系更远,在这种情况下,对其进行研究将有助于科学家更多地了解该病毒家族的多样性。病毒,之后将公开共享。

2013年捕获的一只日本马蹄蝠(Rhinolophus cornutus)中发现了另一种称为Rc-o319的病毒。根据发表的论文1,该病毒与SARS-CoV-2共享其基因组的81%。澳大利亚悉尼大学的病毒学家爱德华·霍尔姆斯(Edward Holmes)说,在112日,这太过遥远,无法提供有关流行病起源的见解。

柬埔寨研究小组的进化生物学家爱丽丝·拉汀(Alice Latinne)说,无论柬埔寨小组发现什么,这两项发现都是令人兴奋的,因为它们证实与SARS-CoV-2密切相关的病毒在犀牛蝙蝠甚至在中国以外发现的蝙蝠中都相对常见。越南河内野生动物保护协会,他看过柬埔寨小组的一些分析,但未参与调查。

Duong说:这就是我们一直在寻找的东西,我们找到了。” “同时令人兴奋和惊奇。

中国杭州浙江大学传染病研究员亚伦·欧文(Aaron Irving)表示,研究结果还表明,其他尚未发现的SARS-CoV-2亲属也可以保存在实验室冰柜中,他还计划测试蝙蝠和其他动物的样本。哺乳动物抗SARS-CoV-2抗体。

东京大学的病毒学家Shin Murakami说:我没想到会找到SARS-CoV-2的亲戚。他是决定在大流行后重新测试冷冻动物样品中病毒的团队的成员。

只有少数已知的冠状病毒与SARS-CoV-2密切相关,包括其最接近的相对亲戚RaTG13。它于2013年在中国云南省的中间马蹄蝠(Rhinolophus affinis)中发现,仅在今年早些时候发表了2。在2015年至2019年之间捕获的其他犀牛蝙蝠和穿山甲中还发现了其他几种冠状病毒,科学家现在知道它们与SARS-CoV-2密切相关。

“ SARS-CoV-2可能不是突然冒出来的全新病毒。该群体中的病毒在我们于2019年被发现之前就已经存在。参与柬埔寨团队的加利福尼亚大学戴维斯分校One Health Institute副主任Tracey Goldstein说。

Latinne说,这些发现证实了犀牛蝙蝠是这些病毒的宿主。

Duong的小组在美国政府资助的PREDICT项目中,在柬埔寨捕获了Shamel的马蹄蝠,该项目对全球野生动植物进行了数十年的大流行性病毒调查,并于今年早些时候结束。4月,美国国际开发署(US $ IA)为该计划提供了额外的300万美元和6个月的延期,以寻找动物样本(主要是蝙蝠,穿山甲和其他动物)中SARS-CoV-2的证据。坐在老挝,马来西亚,尼泊尔,泰国,越南和柬埔寨的实验室冰柜中。这些调查的完整报告预计将在未来几周内完成。

Duong说,对新蝙蝠病毒的短片段(长324个碱基对)的初步基因组测序表明,它与SARS-CoV-2RaTG-13中的同一区域相似,表明这三个密切相关。Latinne说,该区域在冠状病毒中高度保守,通常用于快速识别病毒是新病毒还是已知病毒。但尚不清楚RaTG-13或新病毒是否与SARS-CoV-2密切相关。

柬埔寨巴斯德研究所的病毒学家Vibol Hul说,很难说有这么小的片段。他在2010年将Shamel的马蹄蝙蝠困在了洞穴的入口处。大多数已知的冠状病毒的基因组都含有约30,000个碱基对

柬埔寨巴斯德研究所的病毒学家埃里克·卡尔森(Erik Karlsson)表示,在另一项分析中,柬埔寨团队使用当地可用的技术对新病毒基因组的约70%进行了测序。该序列缺少有关病毒关键部分的说明,例如编码冠状病毒通常用于进入细胞的刺突蛋白的基因。Duong说,对该部分进行测序将表明该病毒是否可以感染人类细胞。

欧文说,新病毒必须与SARS-CoV-2至少相似99%,才能成为当前这种大流行病毒的直接祖先。RaTG13SARS-CoV-2的基因组仅相差4%,但这种差异代表了4070年的进化,因为它们具有共同的祖先。尽管相隔数十年,但这些病毒足够相似,可以使用相同的受体进入细胞。细胞研究表明RaTG13可以感染人

Duong说,在与SARS-CoV-2相关的已知冠状病毒中,新发现的Rc-o319似乎是最远相关的。

在细胞研究中,日本研究小组发现该病毒不能与SARS-CoV-2进入人体细胞所使用的受体结合,这表明它不能轻易感染人。

Shin说,他的同事今年早些时候在日本捕获了更多的蝙蝠,并计划测试它们的冠状病毒。10月,胡尔(Hul)回到柬埔寨北部的洞穴中,接了更多的蝙蝠。

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